Растущее число атак партизан в поздние годы оккупации привело к большому числу казней и массовому жестокому убийству гражданского населения во время репрессий.
Наиболее известные примеры таких убйств – в деревне Коммено (Kommeno) 16 августа 1943 подразделением 1-й горной дивизии (1.Gebirgs-Division), где 317 жителей были убиты и деревня сожжена.
«Резня в Калаврите» (Massacre of Kalavryta) (13 декабря 1943), когда войска Вермахта 117-го егерской дивизии (117 Jager Division) полностью уничтожили все мужское население с последующим полным разрушением города, и «Резня в Дистомо» (Massacre of Distomo) (10 июня 1944), когда 4-я полицейская танково-гренадерская дивизия СС (SS Police unit) разграбила и сожгла деревню Дистомо в греческой области Беотия (Boeotia), в результате чего погибли 218 человек гражданского населения.
В то же время, в ходе согласованной анти-партизанской компании (anti-guerrilla campaign), сотни деревень были систематически сожжены и более миллиона греков потеряли свои дома.
Двумя другими примечательными, но по большей части, малоизвестными актами жестокости стали массовые убийства итальянских военнослужащих на островах Кефалиния (Cephallonia) и Кос (Kos) в сентябре 1943 г. во время взятия немецкими войсками под контроль оккупированных итальянцами территорий. В Кефалинии, итальянская дивизия 'Acqui' численностью 12000 человек была атакована 13 сентября частями 1-й горной дивизии (1 Gebirgs-Division) с поддержкой самолетами Юнкерс Ю 87 («Штука»), и была принуждена к сдаче 21 сентября после понесенных военных потерь 1300 человек.
На следующий день, немцы начали казни взятых в плен и не останавливали их до того, как свыше 4500 итальянцев были убиты. Около 4000 уцелевших были отправлены на кораблях на материк, но некоторые из них утонули после подрыва на минах в Ионийском море, где примерно 3000 человек погибли. Резня в Кефалинии служит фоном для романа «Выбор капитана Корелли» («Captain Corelli's Mandolin»).