Это этимология другого слова для того же понятия. От "заместитель" (loco tenire) капитана или "исполнитель поручений".
>>обязанности командира роты при постоянном командире, назначенном в штаб (при формировании полка из наёмных рот). Отсюда и штабс- >А капитанами штабских рот были полковник, подполковник и майор
Да. Но, если брать XVII век - подполковник и майор это наиболее опытные из капитанов, и сформированные собой роты они за собой сохраняли, даже в штебе и в более высоком чине. Отсюда штабс- применительно к "понижательному" чину, при том, что вообще "штаб-" или "штабс-" повышательная приставка (штаб-офицер, штабс-фельдфебель).