1.Департамент контрразведки Управление контрразведывательных операций Управление компьютерной и информационной безопасности
2.Департамент по борьбе с терроризмом Организационно-оперативное управление Оперативно-розыскное управление Управление по борьбе с терроризмом и политическим эстремизмом
3.Управление военной контрразведки
4.Департамент экономической безопасности Административная служба Управление по контрразведывательному обеспечению объектов промышленности Управление по контрразведывательному обеспечению кредитно-финансовой сферы Управление по контрразведывательному обеспечению объектов транспорта Организационно-аналитическое управление Управление по борьбе с контрабандой и незаконным оборотом наркотиков Управление по контрразведывательному обеспечению МВД РФ, Минюста РФ, МЧС РФ
5.Департамен анализа, прогноза и стратегического планирования Информационно-аналитическое управление Управление координации оперативной информации
6.Департамент организационно-кадровой работы Управление кадров Организационно-штатная служба Инспекция по личному составу
7.Департамент по обеспечению деятельности Финансово-экономическое управление Контрольно-ревизионная инспекция Инспекторское управление Следственное управление
