В 1979 г. советские вооруженные силы были введены в Афганистан, а в июле 1984 г. первые МиГ-23 с аэродрома в г. Талды-Курган перебазировались в Баграм, сменив там истребители МиГ-21бис. К 1988 г. на этом аэродроме размещалось уже четыре полка, оснащенных МиГ-23. Еще один полк этих самолетов находился на аэродроме Шинданд.
В своей основной роли - обеспечение противовоздушной обороны и прикрытие ударной авиации от истребителей противника - самолеты МиГ-23 применялись в Афганистане сравнительно мало. В конце 1985 г. на пограничных с Афганистаном пакистанских аэродромов Мирамшах и Пешевар были размещены истребители F-16A, что сразу "усложнило жизнь" советской авиации, действовавшей в приграничных районах. Летчики наших истребителей, имевшие приказ не производить пуски ракет в сторону пакистанской границы, были изначально поставлены в невыгодное положение по сравнению с истребителями противника. Это развязало руки пакистанской авиации, которая стала чаще нарушать воздушное пространство Афганистана или выполняла пуски УР AIM-9 "Сайдуиндер" по советским или афганским самолетам, приближавшимся к границе. Впрочем, в ходе афганской войны боевых столкновений советских истребителей с пакистанскими летчиками было сравнительно мало. В печати соообщалось об уничтожении лишь одного истребителя F-16A над афганской территорией. По некоторым данным, с ним "разобрался" МиГ-23МЛД авиаполка из Канатово, базировавшийся на авабазе Баграм.
В то же время истребителями F-16A были сбиты два самолета МиГ-23 ВВС Афганистана, по утверждению пакистанцев, также нарушивших воздушное пространство Пакистана (по другим данным, истребители были обстреляны ракетамии "Сайдуиндер", запущеными их над Пакистаном в воздушное пространство Афганистана).
Основной "работой" МиГ-23МЛД в афганском небе стало нанесение ударов по наземным целям и ведение разведки. В частности, истребители использовались для ударов по коммуникациям "духов" и их дистанционного минирования. Для этого они вооружались двумя-четырьмя контейнерами КМГУ или блоками Б-8. В июле 1985 г. был потерян первый МиГ-23 - самолет командира полка В.Фурся был сбит зенитным огнем...
Иногда двухместные МиГ-23УБ применялись как своего рода летающие командные пункты: место в задней кабине занимал штурман, осуществляющий наведение одноместных штурмовиков и истребителей-бомбардировщиков. Потери самолетов МиГ-23 от огня зенитных средств противника были минимальными: благодаря высокой тяговооруженности МиГи круто набирали высоту после взлета и быстро выходили из зоны досягаемости ПЗРК "Стрела" и "Стингер", с которыми душманы подкарауливали свою добычу вблизи аэродромов. Кроме того, успешному применению МиГов в условиях Афганистана способствовали хорошие взлетно-посадочные характеристики этих машин. Об интенсивности боевого использования "двадцатьтретьих" свидетельствует число боевых вылетов. Так у майора А.Степанюка их было более 270, полковник А.Левченко совершил 188 боевых вылетов, из них 174 - на бомбардировку наземных целей. Последний вылет для этого летчика оказался роковым: в декабре 1983 г. в районе перевала Саланг его МиГ-23МЛД, получил серзъезные повреждения от замаскированной зенитной установки противника. Левченко направил теряющий управление истребитель на огневую точку "моджахедов".
Вот как описывает Герой Советского Союза А.Руцкой один из дней этой войны - 4 августа 1988 г.: "Выполняя разведку боем по поиску и уничтожению колонн с боеприпасами в районе Ургун, ничего не обнаружив, во второй половине дня мы возвращались на аэродром Баграм. При возвращении возникла идея заглянуть в район Хост на базу Жавра (крупный опорный пункт противника, расположенный в непосредственной близости от пакистанской границы). Переведя самолет МиГ-23МЛД в пологое пикирование, пошел на снижение, за мной пошел ведомый. Разогнавшись до 1200 км/ч, на малой высоте прошли над базой, а затем вдоль дороги, идущей на пакстанский аэродром Маримшах. Площадки перед складами ("душманов") были забиты машинами, груженными ящиками... Дал ведомому команду: атаку выполнять не будем, уходим с этим же курсом до Хоста без набора высоты. Пройдя Хост, мы резко на форсаже набрали высоту... На свой аэродром передал: готовить четыре "Стрижа" (так в Афганистане называли МиГ-23) с зарядкой "воздух" (ракеты "воздух-воздух" для поражения воздушных целей; необходимость вклю/чения в ударную группу четырех истребителей сопровождения была вызвана тем, что в районе цели А.Руцкой заметил два самолета ВВС Пакистана F-16) и восемь "Грачей" (Су-25) с зарядкой "лента" - боеприпасами для нанесения ударов по колоннам". В короткий срок группа была подготовлена к вылету и поднялась в воздух. Штурмовики нанесли нескоько мощных ударов по колоннам противника, а МиГи обеспечивали прикрытие: удар наносился вне зоны видимости РЛС на аэродромах в Кабуле и Баграме, поэтому истребители были единственным средством "освещения" воздушной обстановки. Однако с этой задачей МиГ-23 не справились. На запрос о неприятельских самолетах командир звена истребителей ответил: "все нормально, кроме нас в воздухе ни кого нет". Руцкой, летевший на этот раз на штурмовике Су-25, принял решение предпринять последнюю атаку - по голове автоколонны противника, спешившей укрыться под скальными карнизами. Однако в этот момент на Су-25 сработала система оповещения "Береза", сигнализирующая о захвате самолета БРЛС истребителя противника, причем МиГи неприятельские самолеты по прежднему не наблюдали. В результате штурмовик А.Руцкого был сбит самолетом F-16A, атаковавшим цель на малой высоте и выпустившим две ракеты AIM-9L "Сайдуиндер", а летчик попал а пакистанский плен.
Появление у противника современных ПЗРК "Стингер" потребовало от летчиков МиГ-23 применения весьма необычных методов взлета и посадки, требовавших ювелирного владения самолетом. После отрыва от земли МиГ начинал выполнять крутую восходящую спираль с креном и тангажом до 30 град., буквально ввинчиваясь в небо. Таким образом набор высоты проходил в границах прилегающей к аэродрому охраняемой зоны. Посадка выполнялась без "коробочки", самолеты, подходя к аэродрому поперек ВПП, вывполняли еще более крутую спираль, производя выравнивание на последнем витке, непосредственно над границей ВПП.
В Афганистане проявилась высокая боевая живучесть и ремонтопригодность "двадцатьтретьих" (так, один из МиГ-23МЛД был отремонтировал в условиях ТЭЧ после того, как самолет вернулся на аэродром с серъезными повреждениями фюзеляжа, шасси, механизма поворота крыла и кабины).